В 1569 году
Малюта Скуратов был выбран
Иваном Грозным для казни своего двоюродного брата
Владимира Старицкого, возможного претендента на престол. В декабре того же года Скуратов также по приказу царя задушил бывшего митрополита Московского
Филиппа II за его критику учреждения опричнины. В 1570 году
Годунов укрепил своё положение при дворе Ивана Грозного, женившись на дочери Малюты Скуратова,
Марии Григорьевне Скуратовой-Бельской.
7 января 1598 года умер
Фёдор I, опекуном которого был Борис. Союзником Годунова был патриарх Московский
Иов, который 17 февраля 1598 года созвал по его приказу Земский собор, представителей церкви, высших государственных чиновников, бояр, купцов, земледельцев и ремесленников, проголосовавших за избрание царём Бориса, которому было 47 лет.
Патриарх Московский Иов
Иов стал митрополитом Московским в 1586 году, заменив низложенного Дионисия. Бориса Годунова поразили его память, харизма, выразительность и аскетизм, заставившие назначить Иова на эту должность. Укрепление русского духовенства Борис считал важной задачей, поэтому боролся за создание патриархата всея Руси. И вот 17 января 1589 года Иов был избран патриархом.
Иов приступил незамедлительно к реформам в Церкви. В 1591 году по улицам Москвы под его руководством состоялось шествие иконы Богородицы с мольбами против нашествия татар. В Москве он построил 12 новых церквей, организовал миссионерские деятельности и открыл церкви в Сибири. Но Иов выступил против, когда Борис Годунов решил открыть школу с иностранными преподавателями, так как считал, что сохранению православной веры это может нанести ущерб.
Царь Борис и Лжедмитрий
Борис всё же стимулировал внешнюю торговлю, и границы для иностранцев хоть и частично, но открыл, отправляя молодых людей в Европу на учёбу. Он начал новые постройки и реставрационные работы в Московском Кремле.
В 1604 году народное недовольство в сочетании с противодействием бояр вылилось в восстание, которое поддержало появление Лжедмитрия, якобы потомка Ивана IV.
Лжедмитрий I был одним из трёх претендентов на царский престол, которые выдавали себя за сына Ивана Грозного, Дмитрия, убитого в 1591 году в Угличе во младенчестве. Наиболее распространённым мнением является то, что Лжедмитрий I был Григорием Отрепьевым, монахом, сбежавшим из монастыря Чудова, расположенного недалеко от Кремля около 1601 года.
Это утверждение было выдвинуто Борисом Годуновым, но как ни странно, число его сторонников после этого заявления начало уменьшаться. Лжедмитрий появился из Польши, где якобы скрывался, и польские дворяне поддерживали его, поэтому его начали поддерживать и русские бояре, которые решили провозгласить его царём, чтобы не платить налоги Борису.
В июне 1604 года, собрав армию и своих сторонников, Дмитрий выступил на территорию Руси, присоединив к себе врагов Бориса и даже казаков с юга. По дороге к Москве его дважды пытались остановить царские войска с переменным успехом. 13 апреля 1605 года внезапно умер Годунов, и царский престол занял его сын
Фёдор II.