Оттон III родился в 980 году, у него был брат-близнец, который умер сразу после рождения. После смерти его отца,
Оттона II, империей остались управлять
Феофана и
Аделаида Бургундские, мать и бабушка трёхлетнего императора. Отец короновал его перед самой смертью королём восточных франков, а на императорский трон он взошёл в шестнадцатилетнем возрасте.
Период правления Оттона III был отмечен очень личными и индивидуальными решениями. Италия стала центром владения
Римской империи. 15 июня 991 года умерла Феофана на руках у сына. Оттон не жалел денег, чтобы с почестями похоронить мать и совершить множество пожертвований монастырям в память о «
любимой матери», как он отмечал в документах. Опекуншей одиннадцатилетнего короля осталась бабушка Аделаида.
Если раньше Папы римские выбирали императоров, то Оттон III выдвигал своих кандидатов на папскую должность.
Так, его родственник Бруно Каринтийский принял имя Папы Григория V, а после его смерти наставник Оттона, Герберт Ориакский стал Папой Сильвестром II.
В сентябре 995 года в Византию отправили двух епископов, чтобы найти жену для будущего императора. Переговоры завершились согласием отдать за Оттона принцессу Зою, которая, впрочем, не спешила расставаться с родным домом и осталась в Константинополе. 21 сентября 996 года Оттон был торжественно коронован императором в Риме.
Во время одного из военных походов Оттона, когда он отсутствовал в Риме, римская знать изгнала Папу Григория и поставила во главе Святого Престола антипапу Иоанна XVI. В феврале 998 года Оттон вернулся, и антипапа бежал из Рима, спрятавшись в укреплённой башне. Отряд императорской армии схватил его, антипапу ослепили и искалечили ему язык и нос. Тринадцать римских вельмож, виновных в измене императору, были казнены и подвешены за ноги на всеобщее обозрение. После расправы с врагами Оттон совершил паломничество в качестве покаяния за убийства.
В 1001 году Оттон вынужден был бежать из Рима из-за вспыхнувшего восстания, а по возвращении у него появилась сильная лихорадка и он скончался недалеко от Рима в возрасте 21 года. Предполагали, что его отравила любовница, жена одного из убитых им вельмож. Перед самой его смертью византийская невеста Зоя выехала в Италию, но узнав, что жених умер, вернулась назад. Оттон III был похоронен в Аахене, в Германии.