Народность башкиры издавна проживали на Южном Урале. Их традиционными занятиями были скотоводство и охота, важную роль играло пчеловодство. Оказавшись в XIII столетии под властью Золотой Орды, башкиры платили ханским наместникам ясак (подати натуральными продуктами). В золотоордынское время продолжалось движение за создание собственного башкирского этноса, который сложился из тюркских и тюркизируемых угорских племен.
Еще в X столетии началась мусульманизация башкир, однако окончательно ислам утвердился в башкирской среде лишь в XV—XVI веках. После разделения Золотой Орды территория проживания башкир оказалась разделенной между Казанским и Сибирским государствами и Ногайской Ордой. В 50—80-е годы XVI столетия башкирские земли подпали под власть Москвы, их население должно было теперь платить ясак русским царям. Судя по всему, оценки этого явления в Москве и на Южном Урале тогда заметно разнились.
Башкиры воспринимали свою подчиненность русскому царю как своего рода военно-политический союз с сохранением своего вотчинного права на исконные земли и неприкосновенности привычных устоев жизни. Московские же власти видели в башкирах своих новых подданных, которые обязаны подчиняться царской воле.
Распространение российского помещичьего землевладения на башкирской территории, увеличение налогов и долгов, насильственная христианизация, ущемление прав органов самоуправления башкир со стороны центральных и местных властей привели к массовым антирусским движениям коренного населения.
Народные возмущения вспыхивали очень часто. Среди них отмечается не менее пяти длительных мятежа, которые не прекращались от трех до семи лет. Выступление башкир в крестьянской войне под предводительством Емельяна Пугачева закончились поражением, однако царская администрация вынуждена была удостоверить вотчинное право башкир на землю, отступиться от планов их закрепощения и насильственной христианизации.
Учреждением в 1788 году в Уфе Духовного собрания (муфтията) мусульман России было указано право башкир жить по законам ислама. При этом в рамках имперской политики мусульманские духовные лица, действовавшие на башкирской территории, подбирались царскими администраторами из числа казанских татарских мулл. В 1798 году. в рамках военно-кантонной системы регулирования башкиры были причислены к военно-казачьему сословию.