Тема мятежа воплощена в восстании Сатаны против Бога. Мильтон рисует рай как хорошо организованное, централизованное государство, которым правит Творец. Творца окружают ангелы, расположенные по строгой иерархической лестнице, более или менее приближенные к богу. Сатана — один из любимых ангелов Бога, однако он честолюбив и обуян гордыней. Вместе с другими непокорными ангелами он восстает против Бога, но терпит поражение. И он и его сподвижники, навсегда утратив райское блаженство, низвергнуты в ад. Сатана, чувствуя ответственность за падших ангелов, сострадая им, пытается убедить их в преимуществах нового состояния. Это мощная фигура, он может придать силы, убедить в своей правоте. Сатана и его ангелы стали владыками ада, обрели желанную свободу. Они испытали великое крушение, но не утратили силы и приобрели опыт. Сатана предан до конца идее свободы, он освобождается от власти Бога, потому что Бог — «тиран мира безраздельный», «царящий, как деспот, в небесах». Мятеж Сатаны — это мятеж против деспотического авторитета.
Двойственность образов в эпопее Мильтона объясняется исторической ограниченностью эпохи XVII в. Бог воплощает не только мировой разум, порядок, законность, но он и суровый деспот, который карает неподчиняющихся. Сатана — убедительный, яркий образ мирового мятежника; его величие в том, что он восстал против самого Бога. Но он и искуситель, погубивший человечество, и поэтому — символ зла, Мильтон очеловечивает образ Сатаны, это не условная фигура, а живая индивидуальность, которая наделена чертами исторического типа: он — бунтарь, его бунт отмечен печатью эгоизма, гордыни, он жаждет власти. Но в его возмущении есть и плодотворное начало — нежелание подчиняться авторитету, самосознание личности; ему свойственны энергия, инициатива, выдержка. Так объективно Мильтон пришел к оправданию неповиновения, ибо он черпал мотивировку поведения своего героя в историческом движении общества.
Общечеловеческая тема связана с судьбой первых людей, Адама и Евы, лучших созданий Бога, которых из мести искушает Сатана, а Бог наказывает изгнанием из земного рая — Эдема. Первые люди были бессмертны и безгрешны, они не знали страданий, боли, мук ревности и зависти, бремени труда. Их жизнь в Эдеме прекрасна и счастлива. Адам и Ева задуманы как воплощение религиозного идеала: покорные деснице божьей, они живут в блаженстве, словно герои идиллий. Но Бог запретил первым людям прикасаться к древу познания: «...не ищи иного счастья и умей не знать». Их блаженство бессознательно, обусловлено отказом от соблазна познания.
Безмятежность первых людей вызывается тем, что у них нет никаких противоречий, у их бытия нет развития. Таким образом, райская идиллия хоть и прекрасна, но ограничена. Сатана искушает Еву знанием и вынуждает ее вкусить запретный плод. Он доказывает ей, что без знания люди не могут постигнуть суть вещей: что, не зная смерти, люди не смогут оценить, что такое жизнь; не зная зла, не могут судить о добре; знание — это великая сила, она придает могущество и приравнивает к Богу.
Следуя учению о свободе воли, Мильтон говорит, что первые люди были предупреждены об искушении. Ведь и Адам нарушает запрет Бога не по неведению, а сознательно, из любви и сострадания к своей подруге; следовательно, они ответственны за свои поступки, за совершенный грех. Адама и Еву изгоняют из Эдема; архангел Михаил описывает им будущую историю человечества: людей ждут смерть и грех, они познают болезни, стужу, бремя труда, их потомство будет одержимо злыми страстями, будет совершать преступления.
Но изгнанные из Эдема первые люди обретают подлинную человечность: из идиллических героев они превращаются в людей с трагической судьбой.
Философски Мильтон оправдывает грехопадение: он прославляет труд как главное назначение человека, осуждает социальные бедствия — войны, тиранию, нетерпимость, неравенство; он славит человечество, которое идет вперед, обретает истину в страданиях и заблуждениях. Поэт говорит и о том, что человек может освободиться от сознания греховности путем нравственного совершенствования, подчинения страстей разуму.
Творчество Мильтона оказало большое воздействие на идеологию и литературу Просвещения.